Adalah sebuah mikroskop elektron yang didesain untuk menyelidiki permukaan dari objek solid secara langsung. SEM yang ada di Balai Konservasi Borobudur memiliki perbesaran 35 – 200.000 kali. Pada konservasi Candi Borobudur SEM dipakai untuk mengetahui topografi (ciri-ciri permukaan dan teksturnya) dan morfologi (bentuk dan ukuran dari partikel) objek, seperti batu candi maupun lumut, alga, dan endapan garam yang ada di permukaan batu candi.