Gunung Merapi di Sebelah Timur Candi Borobudur adalah satu-satunya gunungapi aktiv yang berada pada kawasan saujana budaya Candi Borobudur. Gunung Merapi beserta gunung-gunung yang lain sebenarnya merupakan bagian dari rangkaian gunung-gunung yang berjajar dari pulau Sumatra, Jawa sampai Bali dan Lombok. Khusus yang berada di pulau Jawa, lokasi gunung-gunung ini berada di tengah pulau yang berjajar dari Barat ke Timur. Gunung Merapi sendiri merupakan satu-satunya gunung aktif di antara jajaran gunung di pulau Jawa. Letaknya di tengah pulau, sebagian berada dalam wilayah administrative Propinsi DI Yogyakarta dan sebagian lagi masuk wilayah Propinsi Jawa Tengah. Secara fisik Gunung Merapi mempunyai batas-batas alam.

Bagian utara dilingkupi oleh pegunungan yang merupakan pertemuan antara Gunung Merbabu dan Gunung Merapi. Batas alam ini dibentuk dari hulu Sungai Pepe di wilayah Timur dan hulu Sungai Pabelan di wilayah barat. Secara adminitratif masuk dalam Kabupaten Boyolali, Propinsi Jawa Tengah.

Kaki gunung bagian Timur dan Selatan merupakan wilayah yang datar dan merupakan persawahan dengan kesuburan tanah yang tinggi. Bagian Timur ini membentang sampai bertemu dengan Sungai Bengawan Solo dan bagian Selatan bertemu dengan hulu Sungai Dengkeng. Sedangkan hulu Sungai Progo menjadikan batas alam gunung di bagian Barat.

Berdasarkan peta Geologi yang dikeluarkan oleh Direktorat Geologi Tata Lingkungan diperoleh informasi bahwa batuan utama penyusun Gunungapi Merapi terdiri dari dua macam yaitu endapan vulkanik Gunung Merapi Muda dan Endapan vulkanik Gunung Merapi purba (kwarter tua). Endapan vulkanik Gunung Merapi Muda, yang terdiri dari tufa, lahar, breksi, dan lava andesitis hingga basaltis. Endapan ini hampir tersebar merata di seluruh kawasan Gunung Merapi. Endapan vulkanik kwarter tua, yang keberadaannya secara setempat-setempat, khususnya di perbukitan. Endapan ini ditemui di bukit Turgo, Gono, Plawangan, Maron.

Aktivitas vulkanikme gunung tersebut hingga kini masih dapat kita saksikan. Material vulkanik Gunung Merapi seperti halnya dua sisi yang saling bertolak belakang, yaitu menguntungkan dan merugikan. Ribuan hingga jutaan meter kubik pasir, abu, dan batuan yang dikeluarkan merapi banyak memberikan keuntungan pada warga sekitarnya. Tetapi potensi kebencanaan yang muncul dari gunungapi ini sering tidak disadari dan diabaikan. Termasuk potensi kebencanaan yang sewaktu-waktu dapat menimpa Candi Borobudur. Memang masih sulit untuk diperkirakan potensi bencana apa, yang akan menimpa Candi Borobudur karena aktivitas vulkanik Gunung Merapi.

Bukti arkeologis sebenarnya sudah memberikan peringatan pada kita mengenai bahaya Gunung Merapi melalui beberapa kompleks percandian yang tertutup endapan vulkanik Merapi, di antaranya pada Candi Sambisari, Candi Kedulan, Candi Kimpulan, Candi Losari, dll. Gunung inilah yang diindikasikan sebagi penyebab perpindahan pusat kerajaan Mataram Kuna periode Jawa Tengahan pada abad X M ke Jawa Timur.

Gunung Merapi yang merupakan gunung paling berbahaya di Indonesia telah meletus kembali secara aliran (elusif) dan bukan ledakan (eksplosif) pada Selasa 26 Oktober 2010 pukul 17.02 WIB. Erupsi inilah yang kemudian membuat Candi Borobudur tertutup abu vulkanik dengan ketebalan lebih kurang 3 mm. Erupsi Gunung Merapi yang telah dilaporkan BPPTK atau Balai Penyelidikan dan Pengembangan Teknologi Kegunungapian, menyebutkan bahwa pada pukul 17.00-17.30 WIB terjadi lonjakan aktivitas vulkanik yang sangat tajam. Lonjakan aktivitas vulkanik terjadi mulai pukul 17.02 WIB, yang ternyata adalah luncuran awan panas. Empat seismograf yang di pasang di pos pengamatan semuanya mencatat amplitudo getaran yang sangat lebar (besar), bahkan jarumnya pun terlepas berulang kali. Petugas monitoring juga tidak bisa memperkirakan hal yang akan terjadi, dikarenakan kabut tebal yang menyelimuti gunung.

Luncuran awan panas dan material vulkanik yang dikeluarkan Gunung Merapi pada tanggal 26 Oktober 2010 ternyata menyebabkan daerah disekitar Magelang, terutama Muntilan diterpa hujan abu dan kerikil. Material inilah yang kemudian menerpa dan membuat Candi Borobudur harus ditangani secara serius. Abu vulkanik dan pasir yang menyelimuti candi setelah erupsi ternyata memiliki unsur belerang dan tingkat keasaman yang membahayakan batu andesit penyusun struktur candi.

Erupsi Gunung Merapi yang kedua terjadi tanggal 4 – 5 November 2010 dengan kondisi yang bertambah parah. Batu andesit penyusun struktur Candi Borobudur yang telah tuntas dibersihkan pada tanggal 3 November 2010 kembali tertutup pasir dan abu vulkanik. Hal ini kemudian ditindaklanjuti dengan prosedur teknis pembersihan batu candi dari material vulkanik dengan prosedur yang berbeda dengan penanganan pada saat erupsi tanggal 26 Oktober 2010.