Balai Konservasi Borobudur adalah unit pelaksana teknis Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan di bidang konservasi dan pelestarian Candi Borobudur yang berada dibawah dan tanggung jawab kepada Direktur Jenderal Kebudayaan yang di pimpin oleh Kepala. Untuk menangani Candi Borobudur yang telah selesai dipugar memerlukan perawatan, pengamatan dan penelitian terus menerus. Oleh karena itu, maka pada tahun 1991 berdirilah Balai Studi dan Konservasi Borobudur. Pada tahun 2006 berdasarkan Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor : PM.40/OT.001/MKP-2006 tanggal 7 September 2006 berubah namanya menjadi Balai Konservasi Peninggalan Borobudur. Pada tahun 2011 bidang kebudayaan kembali bergabung ke dalam Kementerian Pendidikan Nasional yang kini menjadi Kementerian Pendidikan Dan Kebudayaan, berdasarkan peraturan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Nomor 55 Tahun 2012 kembali berubah nama menjadi Balai Konservasi Borobudur. Sebenarnya pada awalnya merupakan bentuk lain dari Centre for Borobudur Studies. Fungsinya sebagai pusat pendidikan dan pelatihan tenaga teknis dalam bidang konservasi dan pemugaran. Beberapa fasilitas pendukung dan tenaga teknis yang menguasai bidang pelestarian, khususnya pemugaran dan konservasi, mengantarkan Balai Konservasi Borobudur menjadi pelaksana pelatihan tenaga teknis konservasi dan pemugaran untuk institusi tingkat nasional dan internasional. Di samping itu Balai Konservasi Borobudur juga membantu konservasi peninggalan sejarah dan purbakala di seluruh Indonesia, bahkan di negara Asia Tenggara.