Rencana induk yang disusun oleh JICA (Japan International Cooperation Agency) berdasarkan permintaan dari Pemerintah Indonesia. Hasil dari materplan JICA ini membagi kawasan Borobudur menjadi 5 zona dengan peruntukkannya masing-masing sebagai berikut:
- Zona 1, zona pelestarian lingkungan arkeologi (Archaeological Environment Preservation). Zona ini memiliki luas 44,8 ha termasuk zona inti Ngawen dan Gunung Wukir.
- Zona 2, zona taman arkeologi (Archaeological Park Zone). Zona ini dibuat sebagai zona penyangga (buffer zone) dan sebagai fasilitas taman dan area layanan untuk pengunjung, memiliki luas 87,1 ha.
- Zona 3, zona regulasi penggunaan lahan (Land Use Regulation Zone). Zona ini meliputi keseluruhan 3 desa, yaitu Desa Borobudur, Desa Wanurejo dan Kelurahan Mendut seluas 10,1 km2.
- Zona 4, zona pelestarian pemandangan sejarah (Historical Scenery Preservation). Luas total zona 4 ini adalah 26 km2.
- Zona 5, zona taman arkeologi nasional (National Archaeological Park Zone). Zona ini seluas 78,5 km2 dalam radius 5 km dari Candi Borobudur.
Masterplan JICA ini dibuat untuk 20 tahun sejak tahun 1979 hingga 1999, sehingga untuk kondisi saat ini sudah tidak sesuai dan perlu disusun kembali masterplankawasan Borobudur.